一般來說，藥品GMP無塵車間（區）保持與周圍環境保持氣壓正壓是為防止周圍空氣進人造成污染，要實現室內正壓，必須使送風量大于室內風量、排風量、漏風量的總和。其正壓值則可通過調節送風量、回風量和排風量來加以控制。由于如門窗的啟閉、室內排風系統的間歇運行等原因，室內正壓還受到外界因素影響不能保持恒定值，可通過安裝壓差式自動風量調節閥，達到控制壓差恒定的目的。人工調節進風量與回風量、排風量、漏風量之間差值，通過室內壓差顯示儀表反映，也可設差壓變送器檢測室內壓力，該信號通過轉換器加以控制電動風閥，調節送入室內新風量的大小，達到控制室內正壓的目的。國內外許多企業已采用計算機程控系統對各類藥品GMP無塵車間的進風和回風進行控制。
也不是所有藥品GMP無塵車間都保持正壓，某些特殊藥品的GMP無塵車間J潔凈區域應保持負壓，如青霉素類等高致敏性藥品、強毒微生物及芽孢菌制品的生產區域、藥品生產過程產塵量大的房間等，對于這些產品，既要防止室外未經凈化的空氣對它的污染，又要防止由于它的擴散而污染其他的房間、其他產品，于是，這些產品制造或分裝的GMP無塵車間必須保證負壓，以抵制外來空氣污染，同時為了不使這些產品逸出，又必須提高相鄰無塵車間（區）的壓力，使得這些產品生產的無塵車間成為相對負壓。
即使同一生產區域，由于不同生產工段，防止交叉污染或污染相對大的工段對污染相對小的工段的影響，或便于污染排放的統一處理等，相鄰兩個相同空氣潔凈度等級的GMP無塵車間之間，為保證各自的潔凈度，也必須控制彼此的壓力差。合理控制無塵車間之間的壓力差對提高凈化效果與凈化效率也非常重要。
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