為使實驗室的工作區域達到百級凈化效果，設計上考慮采用集中送風的形式，通過平布高效的百級送風天花將處理過的凈化空氣均勻地送至工作區域。實驗室設置一臺凈化空調機組，由于未涉及化學溶媒及感染性材料的操作，其空調系統采用循環風加新風的方式。實驗室2 內還設置了兩處獨立啟停的百級層流罩，在滿足實驗需要的同時也大大節省了運行的成本。
為減少室內工作環境的噪聲，百級層流罩均采用獨立的外部循環風機控制，并在其送風管上裝消聲器。百級層流罩上均設有導流板，以確保其送風氣流曲線的層流效果。
實驗室空調系統采用初、中、高效三級過濾系統（其中機組內設置二級過濾網, 空調系統送風末端是采用過濾效率達99% 的亞高效過濾器），以保證其室內周邊萬級潔凈度的要求；百級層流罩循環系統則采用中、高效二級過濾（送風末端采用過濾效率達991 998%的高效過濾器），因其原始風源采用的是室內的凈化空氣，其實際上是經過了五級過濾，其凈化達到國家標準 。
由于百級層流罩的循環風機系統只設置過濾器做空氣凈化處理而不處理冷、熱負荷，因而為承擔循環風機運行過程中的設備等散熱及保證層流罩下工作區域對外的正壓差，各層流罩均設一路風管接自實驗室凈化空調機組的送風管，并在系統上設有止回閥以防止氣流倒灌。整個實驗室布局的要求的壓力梯度是由內向外依次遞減的，對于相同級別的房間根據由內向外的原則需要有大于等于0 Pa 的壓力差，而相差一個級別的房間( 如實驗室1 對緩沖) 則需要有大于等于5 Pa 的壓力差，潔凈區對非潔凈區的壓力差按規范需達到10 Pa 以上。實驗室1 是動物解剖取肝的場所，其工作時間內相對于實驗室2及緩沖區域均應成負壓狀態，需設置獨立的強排風系統，獨立排至室外，并有防倒灌措施。因不存在傳染性問題，排風不做特殊處理。
根據生物潔凈實驗室內工作人員的活動特點（著裝多寡沒有限定, 工作強度不定），溫度設計在21~ 27℃范圍，相對濕度設計在40%~ 60%范圍比較適宜。實驗室的新風量是按總風量的30% 設計的，大于按人員( 60 m3 / h.人) 及正壓漏風設計的新風量。空調機組在運行20 min 后環境的潔凈度可達到設計的要求。
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